• Hiệp hội Bóng đá Indonesia (PSSI) và Liên đoàn Bóng đá Đông Nam Á (AFF) đã có sự thay đổi khi dời trận đấu trên sân nhà của Indonesia lên sớm hơn vào lúc 16h30 thay vì 19h30, nguyên nhân của sự lạ lùng này không được báo chí Indonesia đề cập nhiều. Medcom là trang báo hiếm hoi đưa ra giả thuyết rằng chính quyền Indonesia muốn tổ chức các trận đấu sớm nhằm ngăn chặn một thảm kịch như tại Kanjuruhan, nhất là khi sân Gelora Bung Karno có sức chứa lớn.[30]
• Trong trận đấu thuộc bảng B giữa Việt Nam và Malaysia trên sân Mỹ Đình, trọng tài người Nhật Bản Ryuji Sato nhận nhiều chỉ trích khi trao quả phạt đền cho Việt Nam phút 59 sau một pha va chạm giữa Azam Azmi của Malaysia và Đoàn Văn Hậu của Việt Nam bên ngoài vòng cấm, sau đó ​Azam bị đuổi khỏi sân[31]. Ông còn bỏ qua hai tình huống tiểu xảo của Đoàn Văn Hậu với cầu thủ Malaysia. Phút 16, khi thủ môn Đặng Văn Lâm chậm lao ra để bắt bóng, Văn Hậu thúc chỏ để ngăn Azam Azmi xâm nhập cấm địa. Va chạm mạnh khiến hậu vệ Malaysia bị đau và phải nhờ đến sự chăm sóc của bác sĩ. Cuối hiệp một, Văn Hậu lại giơ cao tay vào mặt trung vệ Sharul Nazeem trong một pha tranh chấp ở gần giữa sân. Cầu thủ Malaysia nổi cáu và đáp trả bằng cách xô ngã Văn Hậu, dẫn đến tranh cãi của hai đội. Cả hai lần, trọng tài Sato chỉ nhắc nhở chứ không phạt Văn Hậu. Malaysia sau đó gửi đơn khiếu nại lên Liên đoàn Bóng đá Đông Nam Á về các quyết định của trọng tài Ryuji Sato[32]. Trước đó ,ông Sato từng bắt trận Việt Nam thắng Malaysia 2-1 ở giai đoạn 2 vòng loại World Cup 2022 khu vực châu Á tại UAE hồi tháng 6/2021. Khi đó, ông nhận nhiều chỉ trích từ phía Malaysia khi xác định Brendan Gan phạm lỗi với Văn Toàn ở phút 80 trong vòng cấm giúp Việt Nam có phạt đền để ấn định chiến thắng[33]. Tuy nhiên, trước khi quyết định gây tranh cãi được đưa ra, Sato đã tuyên bố sẽ giải nghệ vào cuối năm 2022[34]. Dù vậy, tình huống đã trở thành 'hiện tượng' gây sốt và được báo chí thế giới quan tâm. Tờ The Sun (Anh) ca ngợi trọng tài Ryuji Sato có 'quyết định tuyệt vời'[35]. AFF sau đó thông qua cuộc họp của Ủy ban kỹ thuật và đạo đức đã cấm 2 trận đối với hậu vệ Azam Azmi[36]
• Trước trận đấu thuộc bảng A giữa Indonesia và Thái Lan, xe buýt chở đội khách khi đang di chuyển tới sân Gelora Bung Karno thì bị CĐV quá khích Indonesia vây kín. Một số CĐV đội chủ nhà dùng gạch, đá ném vỡ kính xe chở đội tuyển Thái Lan. Theo Thai PBS, họ thậm chí còn đạp cửa xe và la hét, đốt pháo. Sau khi có sự can thiệp của lực lượng an ninh, xe chở tuyển Thái Lan thoát thoát được ra khỏi đám đông hỗn loạn và vẫn kịp tới sân. Dù không có cầu thủ nào bị thương nhưng các thành viên đội khách có một phen thót tim[37]. Trước sự việc đáng tiếc này, PSSI mới đây đã phải lên tiếng xin lỗi phía Thái Lan. PSSI thừa nhận có hạn chế khi điều hành, dẫn tới vụ CĐV nhà tấn công xe chở tuyển Thái Lan. Trận Indonesia - Thái Lan sau đó diễn ra bình thường với tỷ số chung cuộc 1-1, và không có thêm sự cố đáng tiếc nào liên quan đến các CĐV. Sau trận, ông Mano Polking gọi hành động tấn công của CĐV đội chủ nhà là "đáng xấu hổ". Trong khi đó, ông Shin Tae-yong hiểu sự cuồng nhiệt của CĐV nhà, nhưng mong người hâm mộ không tái diễn hành động này, tránh nhận án phạt thi đấu trên sân không khán giả của FIFA hay AFC[38]. Sau đó, Ban tổ chức tăng cường các biện pháp phòng bị để bảo đảm an toàn cho Việt Nam trước trận bán kết lượt đi với chủ nhà Indonesia[39][40].
• Trước trận bán kết lượt đi giữa Malaysia và Thái Lan, SVĐ Bukit Jalil chỉ bán 59 nghìn vé trong tổng số 80 nghìn chỗ ngồi. Nguyên nhân là bởi, 21 nghìn chiếc ghế sẽ để trống để chuẩn bị cho concert của ca sĩ Châu Kiệt Luân – được tổ chức vào ngày 15 tháng 1 (tức là chỉ 1 ngày trước trận chung kết lượt về). Trước đó, Singapore cũng đã phải tổ chức các trận đấu tại vòng bảng diễn ra trên sân cỏ nhân tạo Jalan Besar thay vì sân vận động quốc gia nước này cũng vì chuyến lưu diễn của Châu Kiệt Luân. Các CĐV Malaysia tỏ ra rất phẫn nộ khi niềm tự hào Bukit Jalil không được lấp đầy trong trận đấu quan trọng này. Không những vậy, trong trường hợp Malaysia lọt vào chung kết, họ cũng sẽ chơi trận lượt về (diễn ra vào ngày 16 tháng 1) trong tình trạng tương tự. Thậm chí, các CĐV Malaysia còn tràn vào trang facebook chính thức của Châu Kiệt Luân để yêu cầu nam ca sĩ hủy bỏ buổi hòa nhạc. Trước những bình luận gay gắt của khán giả, "ông hoàng Cpop" đã chính thức lên tiếng. Anh cho hay[41]:

Người hâm mộ Malaysia, tôi biết các bạn coi trọng bóng đá đến mức nào. Tôi có thể tạm hoãn concert không có vấn đề gì, nhưng vấn đề là các bạn nên hỏi hiệp hội bóng đá Malaysia hoặc ban tổ chức địa điểm xem có cho phép tôi trì hoãn hay không. Tôi thì không sao hết, miễn là tôi có thể hát cho các fans tôi nghe là được. Hy vọng mọi người đến xem concert vui vẻ.

— Châu Kiệt Luân

• Trong trận đấu bán kết lượt đi giữa Malaysia và Thái Lan, trọng tài người Hàn Quốc Kim Dae-yong đã có quyết định gây tranh cãi khi từ chối công nhận bàn thắng thứ 2 cho Malaysia, ở phút 55, Lee Tuck treo bóng từ cánh trái giúp Dominic Tan đánh đầu vào lưới trống, nhưng trọng tài Kim Dae-yong cho rằng cầu thủ Malaysia đã phạm lỗi với trung vệ Pansa Hemviboon khiến anh bị chảy máu đầu. Sau khi tham khảo trọng tài biên và trọng tài bàn, ông Kim quyết định từ chối bàn thắng của Malaysia. Tuy nhiên, pha quay chậm cho thấy người va chạm với Pansa Hemviboon dẫn đến chấn thương là thủ môn Thái Lan Kittipong Phuthawchueak. Sau pha bóng trên, trọng tài Kim còn xử lý sai một lần nữa khi từ chối cho Thái Lan hưởng phạt đền ở phút 86, với tình huống Bordin Phala đột phá bên cánh trái vào vòng cấm và bị truy cản trái phép[42].